Finansieringen av krisesentrene besto i mange år av en 50/50 fordeling mellom kommuner og stat. Staten bevilget et like stort beløp som kommunene var villige til å bruke på driften av krisesentrene, men beløpene varierte fra kommune til kommune.
I 2005 ble fordelingsordningen endret, slik at staten, ved Barne-, likestilling- og inkluderingsdepartementet (BLD), betalte 80 prosent og kommunene 20. Kommunene var for øvrig ikke pålagt å ha et krisesentertilbud. Mange kommuner var derfor ikke med på finansieringen.
Fra 1. januar 2011 er finansieringsordningen lagt om, slik at bevilgningen til krisesentrene nå går inn i den statlige rammefinansieringsordningen for kommunene.